МБОУ "Хонхолойская СОШ" представляет собой двухэтажное здание, состоящее из двух блоков. Первый блок-учебный. На первом этаже располагаются входной холл с информационными стендами, блок начальной школы. кабинеты физики, библиотека, кабинет технологии. Второй этаж первого блока - учебные кабинеты: математики, русского языка и литературы, бурятского языка, английского языка, инфоратики, истории, химии и биологии, кабинет дополнительного образования, музейная комната. А также учительская, директорская и методический кабинет.
Второй блок: просторная рекреация под стеклянным куполом синформационным стендом. медицинские кабинеты, спортивный зал, раздевалки, столовая, актовый зал. Школа имеет 3 основных входа, 6 запасных.
